正月十五，方肥方七佛以十万之师攻破崇德取得短暂胜利，在秀州城下却遭到童贯领导的官军的顽强抵抗，义军成腹背之势，血战四天伤亡士卒七千余人，没奈何退回杭州驻扎。

二月初一，义军主将洪载率部六万取道松阳攻克处州，趁势分兵龙泉、青田、遂昌，由于兵力过于分散被官兵各个击破，无奈退回处州。处州新上任的婺州通判张良益凭一张三寸不烂之舌威逼利诱劝降了洪载，六万义军尽被瓦解。

十三日，童贯率各路官兵包围了杭州，方腊督令义军死战，经过了惊心动魄的六昼夜，方腊部粮草断绝，外部各路义军想回救杭州被官兵围堵动弹不得。方腊见状思忖下一步打算，只能收束战线往老家睦州方向撤，那里是自己的根据地，地势熟悉，人头熟，粮草准备充裕，足可与官兵周旋数年。

主意打定，义军于十八日开始大肆烧毁官舍、学府、六和塔、灵隐寺，组织敢死队开路不顾一切向睦州方向突围。好一场厮杀，这一战役义军死亡两万余人，官兵则死伤大半，马匹幸存者无多。

而另一路官兵在方启先的筹划下刘镇、杨可思两位名将率部攻陷旌德、宁国，在攻打歙州城时官兵用上了心理战，利用歙州当地百姓信赖爱戴老知府方启先，而部分义军正是当地人。官兵高喊：“方知府回来了，请打开城门迎接方老爷。”方启先任知府期间为民办了不少实事，上奏朝廷减免了不少赋税，在歙州百姓中享有崇高的威望。许多义军听说方知府回来了，纷纷爬上城墙观望，方启先为了减少杀戮也不怕义军射暗箭就站在城墙下面喊话：“义军弟兄们，我知道你们中绝大部分人是不忍官府欺压为了吃饱肚子受人蛊惑而当兵，我方启先对天发誓，只要你们放下武器停止反抗我们就能保证你们的性命，家中的年迈老母，漂亮的老婆，聪明的儿子在等着你们回家呢！”城墙上传来窃窃私语，过一会儿，为头的说话了：“朝廷的狗官不可信，但我们信得过方知府。”

守城头领下令打开城门，方启先夺回了歙州。前来救援的义军八大王见大势已去所率西路军撤退到大本营帮源洞后翼。

方腊如丧家之犬被童贯一路追打，但仍然顽强作战且退且战，从富阳、新登、桐庐，并于三月二十四日撤退到了睦州城。