但是任超却没有就此放过这些各地督抚的念头，在收复了菲律宾，闽浙和两广四省之后，时间又过去了大半年，这时候已经到了1898年的9月份，这例行御前会议上，任超上奏光绪帝，弹劾陕甘总督升允，贪赃枉法，卖官鬻爵，纵兵劫掠等十项大罪，要求将升允革职拿问，械送京师交由司法部审讯议罪。并向光绪帝及内阁大臣们出示了升允收受贿赂的一干罪证。任超同时提议新疆巡抚饶应祺数年来治理新疆有功，可擢升为陕甘总督。

同时任超弹劾云贵总督崧藩与叛逆原两广总督德寿暗中勾结，意图谋反，并公示了在两广总督府里搜出了德寿与崧藩暗中来往的书信数十封，其中多有大逆不道之言，要求严惩崧藩以儆效尤。

但是任超此举遭到了李鸿章等内阁大臣的强烈反对，虽然任超证据确凿，但是李鸿章等人却以事关重大为由，主张应由皇上派出钦差大臣前往云贵和陕甘查访此事，待事情查明，如果属实再做处置。

光绪帝自然是采纳了李鸿章等人的建议，分别派出钦差大臣前往陕甘和云贵查访。任超虽然有些不高兴，但是也没有表现出来，只能默默接受了这一现实，但是任超并没有就此放弃。

李鸿章等人此举不过就是缓兵之计而已，以防止任超的势力进一步的膨胀，所以虽然光绪帝指派了钦差大臣，但是钦差大臣迟迟没有上路，一直拖延了数天。

而这几天时间里，任超却没有闲着，一直在暗中调兵遣将。就在钦差大臣正准备上路的时候，任超突然以陆军部的名义发布命令，以加强边防力量为主，命令驻守广西境内的两个师。分别向云南和贵州挺进。命令宁夏的牛凯旋，派骑兵第二师及步兵一个旅向新疆挺进，另外派出步兵一个旅进入陕西，同时驻守山西的第八师也接到命令分兵数路向陕西进军。

任超此举极大的刺激了各地方实力派，云贵总督崧藩，陕甘总督升允，四川总督恭寿这三位满清总督发表联名通电，讨伐叛逆任超。但是这也只不过是失败前最后的叫嚣罢了。

在陕西牛凯旋率领大军，一路势如破足，仅用了三天时间便兵临西安城下。不到半天时间便攻破了西安城。陕甘总督升允化妆潜逃，侥幸逃过一劫。逃出西安之后连夜逃往了兰州，但是虎贲军两万大军随即追到了兰州，于10月中旬攻占兰州，允化畏罪自杀。截止到11月中旬，虎贲各部成功控制了陕西，甘肃，新疆三省。

在南线，虎贲军的进展也是相当顺利。10月19日便成功攻占了贵阳，11月8日成功攻占昆明，崧藩逃往越南。但是越南的法国殖民当局根本不敢收留崧藩，经过一番交涉之后。于12月初法国殖民当局乖乖的将崧藩交给了虎贲军。

叛乱发生之后，任超随即命令长江舰队封锁了长江航道，随后护送东海舰队海军陆战队七千余人扬长江西进。两江总督刘坤一和湖广总督张之洞情知无力对抗虎贲军，根本不敢加以阻拦。11月中旬。海军陆战队成功攻占重庆，随即向成都进军，于此同时攻占云南和贵州的虎贲军各出兵一部夹击四川。12月初，虎贲军成功攻占成都，四川总督恭寿被俘。至此西北西南各省叛乱基本被平定了。